1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gtctggtgttgtcttggtttgcacgacaccttgccacttctagtgtggctttcacatttgctctttcagttattaaagcatgctatttttgttgtcatagGGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCTGCAACTGGTGGGTTTACCAAGGATGCAGATGACGCAAACAAGCTCAACC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011101_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTTTTACCACCTGAAGAGCAGGAAG GGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCTEST: gi|32827895|gb|CD967573.1|CD967573
genomic: GATTTTTACCACCTGAAGAGCAGGAAGgtaagaaaaa ... gttgtcatagGGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCT
EST: ATGCCCAGCCAGATGATCTTATTGATTTTTACCACCTGAAGAGCAGGAAG GGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCT
genomic: ATGCCCAGCCAGATGATCTTATTGATTTTTACCACCTGAAGAGCAGGAAGgtaagaaaaa ... gttgtcatagGGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCT
tggctttcacatttgctctttcagttattaaagcatgctatttttgttgtcatagGGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCTGCAACTGGTGGGTTTACCAAGGATGCAGATGACGCAAACAAGCTCAACC
tttttgtt CT-rich tract
tttcagttattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctggtgttgtcttggtttgcacgacaccttgccacttctagtgtggctttcacatttgctctttcagttattaaagcatgctatttttgttgtcatagGGCATGAGCCAGCTTGAGTTGGAAGATGAGGTGCATGATGATTTGAAGGCTGCAACTGGTGGGTTTACCAAGGATGCAGATGACGCAAACAAGCTCAACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - ggtgttg
- - - - - - - - - - gcacgac
- - - - - - - - - - - - - - ccttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agcatgc