Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcatggtcctctctcttcaatatatcatgtatatatgtgaacctagctagctagctcactgatctccccttgcagCTGATCCCTGCTGCTCACTCCCATGGCGCAAGGTGAGGAGAGCTCGTGGTGCATGGCGAGCAGCGATCATGGTAGAGCTGCACCATTCGTCCAAGCAGTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000842_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88758005|gb|DY542146.1|DY542146
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg
EST: gi|88758005|gb|DY542146.1|DY542146
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg
EST: gi|71435856|gb|DR816906.1|DR816906
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTAT                         G
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATgcatggtcct ... ccccttgcag-
EST: gi|71435856|gb|DR816906.1|DR816906
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTAT                         G
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATgcatggtcct ... ccccttgcag-
EST: gi|76015224|gb|DT942394.1|DT942394
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg
EST: gi|76015224|gb|DT942394.1|DT942394
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg
EST: gi|91869980|gb|EB400639.1|EB400639
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTAT                         CTGATCCCTGCTGCTCACTCCCATGGCGCAAGGTGAGGAGAGCTCGTGGTG
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATgcatggtcct ... ccccttgcagCTGATCCCTGCTGCTCACTCCCATGGCGCAAGGTGAGGAGAGCTCGTGGTG
EST: gi|71439738|gb|DR820788.1|DR820788
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg
EST: gi|71439738|gb|DR820788.1|DR820788
EST:     TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTCTATGCAT                      
genomic: TATGAAAAACCACAAGGGTGATTCAGCTTACCACTGTCGGCTCCTTC--T--ATgcatggtcct ... ccccttg


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatcatgtatatatgtgaacctagctagctagctcactgatctccccttgcagCTGATCCCTGCTGCTCACTCCCATGGCGCAAGGTGAGGAGAGCTCGTGGTGCATGGCGAGCAGCGATCATGGTAGAGCTGCACCATTCGTCCAAGCAGTC
                                    cactgat  putative branch site (score: 3)
 tctccccttgc  CT-rich tract
 atgtatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcatggtcctctctcttcaatatatcatgtatatatgtgaacctagctagctagctcactgatctccccttgcagCTGATCCCTGCTGCTCACTCCCATGGCGCAAGGTGAGGAGAGCTCGTGGTGCATGGCGAGCAGCGATCATGGTAGAGCTGCACCATTCGTCCAAGCAGTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC