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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgctaacatgttactgctgcattagtttctggatgatgtagaaacagttcataggatcactataccttcctgaaccttaatttttttttttaaattttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00830.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789999|gb|FQ479609.1|FQ479609
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349814602|gb|FQ399242.1|FQ399242
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349811128|gb|FQ406140.1|FQ406140
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349818053|gb|FQ408828.1|FQ408828
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349817267|gb|FQ405271.1|FQ405271
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349811678|gb|FQ409675.1|FQ409675
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349811177|gb|FQ406165.1|FQ406165
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349807900|gb|FQ402291.1|FQ402291
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|352798701|gb|FQ480726.1|FQ480726
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349809773|gb|FQ398398.1|FQ398398
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|351036374|gb|FQ458749.1|FQ458749
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349818969|gb|FQ411664.1|FQ411664
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349816754|gb|FQ399622.1|FQ399622
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCGGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|351051626|gb|FQ450178.1|FQ450178
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349817835|gb|FQ407824.1|FQ407824
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTAACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349814554|gb|FQ399194.1|FQ399194
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349810986|gb|FQ405974.1|FQ405974
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|349820442|gb|FQ406998.1|FQ406998
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
EST: gi|351037515|gb|FQ460714.1|FQ460714
EST:     CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAG                         GAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT
genomic: CAGTTGTCCAACAATATGGGCAAATAATAATTGACATGCTATTAACAAAGgtattgctaa ... ttttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cataggatcactataccttcctgaaccttaatttttttttttaaattttgggcagGAGCAACCTCAGAAAATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG
                         ccttaat  putative branch site (score: 4)
                     tgaaccttaatttttt  TA-rich tract