Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttccaaatgccgtttttagaaaaagtgactaattatcatgccaaaattttctgccctgacttggtgctctcataatggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTTTATTGGTTTGGACGCAGAGCATATTGATGACCGGCGACTGTGTTGCGGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00560.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0090g00560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g06840.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaagtttccaaatgccgtttttagaaaaagtgactaattatcatgccaaaatttt----ctgccctgact--tggtg-ctctcataatg-gttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTTTATTGGTTTGGACGCAGAGCATATTGATGACCGGCGACTGTGTTGCGGT
|| || |  ||  ||   |  |    |   |||   |  |  || |||    | |      ||| |  |||  || ||  ||   ||||    |  |||| ||||| || |||||||||   ||||||||||||||||| |||  |||||||||||| || || |  |||||||| || |||||| |||| ||||| |||
gtgagataacacctgttttcatatttacctgtgtgcacatg-cacgccttgttctcattgttgcacaaactaatgctgattcctctaatccaattgctagACATGTCCTCCACAAGTATATAAATGAGGATGTTTCATTAGGAAGTTGGTTTATTGGATTAGATGTCGAGCATATCGACGACCGGAGACTTTGTTGTGGT

upper sequence: Vv19s0090g00560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os03g38050.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
---gtaagtttc--caaatgccgttttta------gaaaaagtgactaattatcatgccaaaattttctgccctgacttggtgctc--tcataatggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTTTATTGGTTTGGACGCAGAGCATATTGATGACCGGCGACTGTGTTGCGGT
     || ||||  || ||   ||||||       ||  |    |  |  | |  |  | ||    ||| |||    |||    |   | ||  || |  |  |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||| | ||||  || ||  | ||||| ||  | || || ||||||
gtaagaaatttcttcagatttggtttttctttgttgattacaccataatatgttttatctaa--cctctacccatcattgaccatggatgatggtgatgtttcagGCATGTTCTCCACAAATATGCTAATGAGGATGTATCATTAGGAGCATGGTTCATAGGTCTAGACGTCGAACACGTCGATGATCGCAGGCTTTGCTGCGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34544134|gb|CF512366.1|CF512366
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|349826233|gb|FQ416038.1|FQ416038
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|71875910|gb|DT024965.1|DT024965
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|77583730|gb|DV220900.1|DV220900
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|34544220|gb|CF512452.1|CF512452
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|71875911|gb|DT024966.1|DT024966
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|110385919|gb|EC950479.1|EC950479
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|351046999|gb|FQ454609.1|FQ454609
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|110712361|gb|EE089898.1|EE089898
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
EST: gi|351056608|gb|FQ442436.1|FQ442436
EST:     CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCA                         GCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT
genomic: CAGCTATATGCTATTTCAAAAGATTTGGCTACTTATATATCAATTAACCAgtaagtttcc ... ggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatcatgccaaaattttctgccctgacttggtgctctcataatggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTTTATTGGTTTGGACGCAGAGCATATTGATGACCGGCGACTGTGTTGCGGT
           aaaattttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtttccaaatgccgtttttagaaaaagtgactaattatcatgccaaaattttctgccctgacttggtgctctcataatggttatctagGCATGTGCTTCACAAGTATGCTAATGAGGATGTTTCATTGGGATCTTGGTTTATTGGTTTGGACGCAGAGCATATTGATGACCGGCGACTGTGTTGCGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA