Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtgaaatgcagagtctttctttactgttatcgattgcagcactcttacatatgatggttccttgacttttatgcattccctgcagATTTATGGAGATGGAACAGCGTCTTCGAAGGACTGCTTCAAAATGTTTAACCCCATTGACCTCACCACCTTCAAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0122g01410.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0122g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA06G02070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gttcgtgaaatgcagagtctttctttactgttatcgattgcagcactcttacatatgatggttccttgacttttatgcattccct-gcagATTTATGGAGATGGAACAGCGTCTTCGAAGGACTGCTTCAAAATGTTTAACCCCATTGACCTCACCACCTTCAAT
||| ||    || |    |||| |||  |  |   |       |||| || |    | |        | ||| | || |||  || |||||| ||||||||||||||||| || || |  || |||||||||||||| || ||||| |||||  |||||| ||||
gtttgtctgttgaacttcctttttttttttctgctggacttttcacttttgc----ggtatccttacgtcttct-tgtattgactagcagATATATGGAGATGGAACAGCCTCATCAAGAGATTGCTTCAAAATGTTCAATCCCATCGACCTTGCCACCTACAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110419420|gb|EC985642.1|EC985642
EST:     CAGATTACATGTATGATGTTGTAAGGGTGCCCATGGCTTTCACCTTCGAG                         ATTTATGGAGATGGAACAGCGTCTTCGAAGGACTGCTTCAAAATGTTTAAC
genomic: CAGATTACATGTATGATGTTGTAAGGGTGCCCATGGCTTTCACCTTCGAGgttcgtgaaa ... ttccctgcagATTTATGGAGATGGAACAGCGTCTTCGAAGGACTGCTTCAAAATGTTTAAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgattgcagcactcttacatatgatggttccttgacttttatgcattccctgcagATTTATGGAGATGGAACAGCGTCTTCGAAGGACTGCTTCAAAATGTTTAACCCCATTGACCTCACCACCTTCAAT
                                           cattccct  CT-rich tract
              ttacatat  TA-rich tract