1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...agagtaaaaaacaaaaaaatatgtaagattgaaatggcaatgtttgtttagttagaggagggcaaatttttcttgttaacattgtcaatttttttaacagCTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAGAAGTACAAGATGCATGCTGTGGTAGCAAATGAGCTTTCAACTCGTAAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0001g04420.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATGCTGAGGAAAATATGGGCTCCCTTGGCCTTCTGCATATCATTCAAG CTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAGEST: gi|110726674|gb|EE102660.1|EE102660
genomic: CAATGCTGAGGAAAATATGGGCTCCCTTGGCCTTCTGCATATCATTCAAGgttagttatt ... tttttaacagCTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAG
EST: CAATGCTGAGGAAAATATGGGCTCCCTTGGCCTTCTGCATATCATTCAAG CTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAG
genomic: CAATGCTGAGGAAAATATGGGCTCCCTTGGCCTTCTGCATATCATTCAAGgttagttatt ... tttttaacagCTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAG
gtttagttagaggagggcaaatttttcttgttaacattgtcaatttttttaacagCTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAGAAGTACAAGATGCATGCTGTGGTAGCAAATGAGCTTTCAACTCGTAAAG
tgttaac putative branch site (score: 2)
ttttttt putative PPT
aaatttttcttgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agagtaaaaaacaaaaaaatatgtaagattgaaatggcaatgtttgtttagttagaggagggcaaatttttcttgttaacattgtcaatttttttaacagCTGGAGACAGATTCAAATATCCTTTTACAAAAGGCTGATATGGCTCTTCAGAAGTACAAGATGCATGCTGTGGTAGCAAATGAGCTTTCAACTCGTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - taaaaaa
- - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - gattgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agggcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattgtc