Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcattccttttcctccctttatgttttatttctttcaagtatcatttcataatttccctttaattttgtgttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTGATGTTCATCACTTCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0100g00290.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0100g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT5G51970.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
-----------gtatcattccttttcctccctttat-gttttatttctttcaagtatcatttcataatttccctttaattttgtgttgtttt--agGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTGATGTTCATCACTTCAAG
            | | |||   ||   |   |  || ||  | |  |  |   || ||    | |      |   ||  ||| ||||  ||   ||| ||| ||||||| | ||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||| || | |||
gtaagacaaagatttgatttgattggatatttggattgtcctgtgaccctttggt-tcggaaccttggaaactgatagatttatgttcattcaaagGTCCTCATGATGTGAGAGTTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110686578|gb|EE064378.1|EE064378
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110688657|gb|EE067457.1|EE067457
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110713731|gb|EE089908.1|EE089908
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|161713022|gb|FC062444.1|FC062444
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCATAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110702046|gb|EE080314.1|EE080314
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|37187764|gb|CF607117.1|CF607117
EST:     CCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: CCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110710421|gb|EE086742.1|EE086742
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110711468|gb|EE087981.1|EE087981
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|161719033|gb|FC067653.1|FC067653
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110702995|gb|EE079453.1|EE079453
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110430276|gb|EC996819.1|EC996819
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTACGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110710333|gb|EE086577.1|EE086577
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110699843|gb|EE077221.1|EE077221
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110685996|gb|EE063203.1|EE063203
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110687807|gb|EE065639.1|EE065639
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|110420392|gb|EC986664.1|EC986664
EST:     TCTTGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTACGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|71890669|gb|DT039724.1|DT039724
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
EST: gi|161716957|gb|FC068142.1|FC068142
EST:     TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGG                         GCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG
genomic: TCTGGGCATCAAGACCCTCAAGATTCAACCCTACATTCTCCCTTCTCTGGgtatcattcc ... gttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatttctttcaagtatcatttcataatttccctttaattttgtgttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTGATGTTCATCACTTCAAG
                                 ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                              ttgtttt  putative PPT
               tatcatttcataattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcattccttttcctccctttatgttttatttctttcaagtatcatttcataatttccctttaattttgtgttgttttagGCCCTTATGATGTCAAAGTTAGGATCAAAGCTGTAGGGATATGTGGAAGTGATGTTCATCACTTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG