1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...agtgtggcatatagttatatctggaagcagctacaaacaggatcttacctacacattttcctttctacttctacttacacattgctttgcaacactgcagCTTTCGTTCCAAATGTGGACTGATCAAATGCAGGAGACATTAAATTCTAAGAAAAAAGGTGATGCTGCTTTCCGGCAAAAGGATTTCAGAGCTGCCATTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0046g02900.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATCCTAGAGAGTGTTGGGTACAAAGATGACGAAGGAATGACAAATGAG CTTTCGTTCCAAATGTGGACTGATCAAATGCAGGAGACATTAAATTCTAAG
genomic: AGATCCTAGAGAGTGTTGGGTACAAAGATGACGAAGGAATGACAAATGAGgttaggatac ... aacactgcagCTTTCGTTCCAAATGTGGACTGATCAAATGCAGGAGACATTAAATTCTAAG
tacctacacattttcctttctacttctacttacacattgctttgcaacactgcagCTTTCGTTCCAAATGTGGACTGATCAAATGCAGGAGACATTAAATTCTAAGAAAAAAGGTGATGCTGCTTTCCGGCAAAAGGATTTCAGAGCTGCCATTG
tacttac putative branch site (score: 1)
acatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtgtggcatatagttatatctggaagcagctacaaacaggatcttacctacacattttcctttctacttctacttacacattgctttgcaacactgcagCTTTCGTTCCAAATGTGGACTGATCAAATGCAGGAGACATTAAATTCTAAGAAAAAAGGTGATGCTGCTTTCCGGCAAAAGGATTTCAGAGCTGCCATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - -agcagct
- - - - - - - - - - - - - - - - acaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctttg