Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctgcttcttcatctatatgctcaggaccaccttaatgaaacagataatggaactttcatgctggataagcttataatgacattcactgaatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTTGAGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0171g00310.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545844|gb|CF514076.1|CF514076
EST:     TCAAGGTCCAATATGTCCT                         GTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
genomic: TCAAGGTCCAATATGTCCTgtaagttcat ... aatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
EST: gi|30131113|gb|CB916452.1|CB916452
EST:     TTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCT                         GTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
genomic: TTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCTgtaagttcat ... aatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
EST: gi|27585508|gb|CB008203.1|CB008203
EST:     ATCCATCTGAGATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCT                         GTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
genomic: ATCCATCTGAGATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCTgtaagttcat ... aatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
EST: gi|30137480|gb|CB922818.1|CB922818
EST:     GATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCT                         GTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
genomic: GATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCTgtaagttcat ... aatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
EST: gi|30129363|gb|CB914702.1|CB914702
EST:     GATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCT                         GTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT
genomic: GATGCAGTCTGTTATCTCTTCTCAAGGTCCAATATGTCCTgtaagttcat ... aatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataatggaactttcatgctggataagcttataatgacattcactgaatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTTGAGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTT
                           ttataatga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttctgcttcttcatctatatgctcaggaccaccttaatgaaacagataatggaactttcatgctggataagcttataatgacattcactgaatgctgtagGTGAGTCCTTGTATGGAACGTGCAGTATTGGACCAACTTGTGGATTATTTTGAGAGACGGTTGGCTGGCTATCCTACCACTATGAGTGAAGACGAGTGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- ctgcttc
- - - - - - - - -tatgctc
- - - - - - - - - - - - - - ccacctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattcac