Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegttttccctctctcacattcactgattatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g25580.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
-----------gttttccctctctcacattcactgattatgatttggt-tcacggattgtctattttatatgggctgaca----atgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
| || | || | | | | || || | | | ||||| |||| || | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||| |||||| || || || |||||||||||
gtacattgtaaacatacctgtatacgcagttttgacatctatcctagtgctacattgagcatggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os04g18030.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
--------------------------------------------------gttttccctctctcacattcactgattatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgaca--atgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
|||||||| | | | | | || ||| | | | | |||| | | ||| || ||| | | |||| |||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || || || ||||| || |
gtatgaggtggaatgtcaaacttcaagtcatttctggggtgatttttgcaattttccctttttta-gtgttttagtt-tgact-gactaccacattgaatgaagca-atgatttgttctcatgtttccttaatgttttcagATCGCACCAATTATTCACGAATGGACCTATGATGCCATGTGTCATGATCTACTCTGCATGGATGGCAACAAGTATGTACAACAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G012942_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gttttccctctctcaca-ttcactgattatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
|| | | || || || ||| || | | | | | || | | |||| | | ||| || | |||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||| || || || || || || ||
gtaggtggtgaattccagtttacacatttccatattgctgatgcatcctttg----atatcatgtttccttgagca--------ctacagATTGCACCAATTATTCATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTATTGTGTATGGATGGCAACAAGTACGTGCAAGAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
------gttttccctctctcacattcactgattatgatt-tggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacat----ttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
||| | | | | ||| | ||||| || | | || || | | | | || | | | | || | || |||||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | || |||||| || || || ||||| |||||
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA11G03230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
--------gttttccctctctcacattcactgattatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
| | | | |||| ||| | || ||| || || || ||| |||| | | | | | | ||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||
gtttcttagctccatttgttggtcattgacttgtaat-attctcttgacaaatggtcatgtttacagtga-----ggttattattctgattttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACTTATGATGCCATGTGTCATGATTTGCTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAA
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G42140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----gttttccctctctcacattcactgat---tatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
|| | | | | ||| ||| || ||| || || ||| ||| || || | | ||| | | | | ||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||
gtttcttagctccatttgttggtcattgacatgtaatattcttttgacagatggtc-atgttgtttacagtga-ggttattattctgattttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACTTATGATGCCATGTGTCATGATTTGCTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAA
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA17G14450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
----gttttccctctctcacattcactgat-tatgatttggttc--acggattgt--ctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
|| || | | | || | | || | | | | || || | ||| || || | || ||| | | | |||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||
gtttcttatctccatttgccagttatggacgtgtagtattatttcaacaaactgttatcatattgcttataaggaggatg-ctattctggatttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACATATGATGCCATGTGCCGTGATTTGTTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA05G03970.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
----gttttccctctctcacattcactgat-tatgatttggttc--acggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
|| || | | | || | | ||| | || | | || || | ||| | | |||| | || | |||| | | | || | |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||
gtttcttatctccatttgccagttatggatgtgtggtattatttcaacaaactgt---tatcatattg-cttataatg-ctattctggatatgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACATATGATGCCATGTGCCGTGATTTGTTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAG
upper sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
---------------------------------------------------gttttccctctctcacattcactgattatgatt-tggttcacggattgtctattttatatgg---gctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
| | | | |||| ||| || | | || ||| | | ||||||| || | || || || | |||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
aacttac putative branch site (score: 2)
cattttt CT-rich tract
attgtctattttatat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gttttccctctctcacattcactgattatgatttggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacatttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA