1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...cttgtcactgacagagctgtccattttctttctcctatttatgtttctgttctaagtttgcattgctctctctacaatctaaattggatttgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAATCACCCTTTTATCTTGAAGGGCCAGGTGGACTTTTTGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g02850.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCG GGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTEST: gi|161717475|gb|FC066878.1|FC066878
genomic: GTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCGgtaagtttca ... tgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCG GGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTEST: gi|29784840|gb|CB341314.2|CB341314
genomic: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCGgtaagtttca ... tgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCG GGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTEST: gi|27584897|gb|CB007592.1|CB007592
genomic: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCGgtaagtttca ... tgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCG GGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATCGAGAATTGTATTGGTGTTGTCAAGTTAATGGGTCGCTACAGCGgtaagtttca ... tgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCT
tctgttctaagtttgcattgctctctctacaatctaaattggatttgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAATCACCCTTTTATCTTGAAGGGCCAGGTGGACTTTTTGA
atctaaa putative branch site (score: 3)
aatctaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgtcactgacagagctgtccattttctttctcctatttatgtttctgttctaagtttgcattgctctctctacaatctaaattggatttgtggtgcagGGTTTATTGCAATGCATGCTACCCTGGCCAGCCGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAATCACCCTTTTATCTTGAAGGGCCAGGTGGACTTTTTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- -gtcactg
- - - - - - - - ctgtcca
- - - - - - - - - - - - - - tttctcc