Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtgaccggtatcatcttagttggtagctttctagctgtttctatctatatggaactgctcaactgatgcaacttaattttagGTCTGGGAACACTTGATGGGGGTTCAAGATATGGAAAAGATGATGAAGCTGATACGGGTTCATCTGTCTTTGTCAAGTACAATCGCATGCTACATGGGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g03080.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0003g03080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA08G08920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtagtgaccggtatcatcttagttggtagctttctagctgtttctatctatatggaactgctcaactgatgcaactta----attttagGTCTGGGAACACTTGATGGGGGTTCAAGATATGGAAAAGATGATGAAGCTGATACGGGTTCATCTGTCTTTGTCAAGTACAATCGCATGCTACATGGGAA
   ||       |   | | |  || ||       ||   |   |||      | |     | |    |   ||||||    | | |||||  || | ||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||  | ||| ||||||||||
---gtagataagaagttttcaaatgctaa------agacatgcttatactagagaattcttttattctaattaacttataacaatgtagGTGAGGCAGCACTTGATGGGAGCTCAAGATATGGAAGAGAAGATGAAGCTGATATGGACTCATCTGTCTTTGTCAAATATAACAGAATGTTACATGGGAA

upper sequence: Vv10s0003g03080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA05G25980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtag-tgaccggtatcatcttagttggtagctttctagctgtttctatctatatggaactgctcaactgatgcaacttaat--tttagGTCTGGGAACACTTGATGGGGGTTCAAGATATGGAAAAGATGATGAAGCTGATACGGGTTCATCTGTCTTTGTCAAGTACAATCGCATGCTACATGGGAA
|||| | | | ||    | | |  ||  ||       |  ||   |||      | |     | |    |   |||||||   | |||||  || |   ||| ||||| | || |||||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||||||| |||||||| || ||  | ||| ||||||||||
gtagataagcagt----tttcaaatgccag------ggacgtgcttatactagagaattcttttattcaaattaacttaacaatgtagGTGAGGCAGTGCTTCATGGGAGCTCGAGATATGGAAGAGAAGATGAAGCTGATATGGACTCATCTGTTTTTGTCAAATATAACAGAATGTTACATGGGAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctagctgtttctatctatatggaactgctcaactgatgcaacttaattttagGTCTGGGAACACTTGATGGGGGTTCAAGATATGGAAAAGATGATGAAGCTGATACGGGTTCATCTGTCTTTGTCAAGTACAATCGCATGCTACATGGGAA
                                          aacttaatttta  TA-rich tract