Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtggcattttaaagcatggaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttgggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g02130.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g08018.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtctgtggcattttaaagcatg-gaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttgggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
             |    |||  |||||||    |||  |    |  ||   || | |||||  |      ||| |   ||    ||    | | |||| ||||| ||||||||||| |||    | ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || |||  || |||||||||
------------gtgcgccatatgaatatacccatttc-tcagataattagcaacaatattttagtcctctaatggggttgtatttgtgttacacttgt-cagGTTATTAGAGGTGGTAGAAGGATTGAAGTGTCAATATTTGATATTGTAGTTGGTGATGTAGTGGCTCTAAAAATTGGTGACCAG

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA13G44990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtctgtggcattttaaagcatggaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttg-ggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
                               ||| |    | | |  | ||||||    ||| ||| | || | |||      | |    |   |   | ||||||||||||||||||||| |  |  | ||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||  | |  ||||| || |||
------------------------------gtgtgtgacat-tatactattaaaacatcttgtggaagttacactgagcatgtactttgtac--tcattacagGTCATTAGAGGTGGCAGAACAATACAAATATCGATATTTGATATTGTTGTTGGTGATTTAGTGCCCCTTAAAATAGGAGATCAG

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA15G00340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtctgtggcattttaaagcatggaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttg-ggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
                               ||| ||   | | |  | ||||||    ||| ||| | |||  |||     || |     |    | | ||||||||||||||||||||| |  |  | ||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||  | |  ||||| || |||
------------------------------gtgtgtaacat-tatactattaaaacatcttgtggaagttaagctgagtatgcactattgtactcat-tacagGTCATTAGAGGTGGCAGAACAATACAAATATCCATATTTGATATTGTTGTTGGTGATTTAGTGCCCCTTAAAATAGGAGATCAG

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA07G00630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtctgtggcattttaaagcatggaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttgggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
                         | | ||   |||  ||||| |   || | |||    |||   ||| | | | ||   | ||    || ||  | ||||| ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||||| || |||
------------------------gtgtgtaacattatattattggaacttcacatt----gggtacctatactaa-atactattg----aacttgttacagGTTATTAGAGGTGGGAGAACAATTAAAATTTCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAAAATAGGAGATCAG

upper sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA08G23760.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtctgtggcattttaaagcatggaatatatatgtttagtttatttgtttttaaaattatttgggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
                         | | ||   |||  ||||| |   || | |||    |||   ||||| | | ||   | ||    || |   | ||||| ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||||| || |||
------------------------gtgtgtaacattatattattggaacttcacatt----gggtacctaaactaa-atactattg----aactcattacagGTTATTAGAGGTGGGAGAACAATTAAAATTTCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTATACCCCTTAAAATAGGAGATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttaaaattatttgggatgctaaattgacatgacaatgcaaaaaatttgtgcagGTCATTAGAGGTGGCAGACCCGTGGAGATATCAATATTTGATATTGTTGTTGGTGATGTTGTACCTTTAAGCATAGGTGACCAG
                                   aatgcaaaaaattt  TA-rich tract