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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctttgtagttcacaattagatgaatgattgctattgaaattgacacggatatctctttaattgtaattgcactggatgaaatagttgttggttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATAAAGATTGCTGTGAATGCTGCTGCTCGGCGTGATGTCCTTGATATTGCCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01110.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71883236|gb|DT032291.1|DT032291
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAATTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCGGGATATTACCCACTTACCTTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|29782147|gb|CB347237.2|CB347237
EST:     TATTAACAAGTTGGTGCAACAACG-ATCGAAGCTAATAGATCTTGATGAT                         GTTCGGGATATTACCCACTTCCCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: TATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAA-GAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|71885123|gb|DT034178.1|DT034178
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGGTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|30301279|gb|CB978073.1|CB978073
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCAGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTAGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|110362279|gb|EC925800.1|EC925800
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|33404575|gb|CF210202.1|CF210202
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCAGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
EST: gi|110690986|gb|EE068568.1|EE068568
EST:     CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGAT                         GTTCAGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA
genomic: CTATTAACAAGTTGGTGCAACAACTTAAGAAGCTAATAGATCTTCATGATgtgagtctac ... gttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggatatctctttaattgtaattgcactggatgaaatagttgttggttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATAAAGATTGCTGTGAATGCTGCTGCTCGGCGTGATGTCCTTGATATTGCCA
         ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                              ttccttc  putative PPT
        tctttaattgtaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ctttgtagttcacaattagatgaatgattgctattgaaattgacacggatatctctttaattgtaattgcactggatgaaatagttgttggttccttcagGTTCGGGATATTACCCACTTACCCTTTGCTGAGCGAGAGTTGATGTTGATAAAGATTGCTGTGAATGCTGCTGCTCGGCGTGATGTCCTTGATATTGCCA

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