Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttccatgcccttttgccttgttttccaatattttcaagtacaacttatttcttttatctacatggagatacagtccttatgaggtgatattaataatgggcatttgttgatgtagGTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTAGCAATCAAAATGGCTATTGCAACAGTAGCCTTAACG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g00620.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715867|gb|EE094404.1|EE094404
EST:     ATCGTTACATATGGATAATTGGAATGATATATGCTTATTATCATCCTACT                         GTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTA
genomic: ATCGTTACATATGGATAATTGGAATGATATATGCTTATTATCATCCTACTgtaagcttcc ... gttgatgtagGTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTA
EST: gi|351025158|gb|FQ433575.1|FQ433575
EST:     ATCGTTACATATGGATAATTGGAATGATATATGCTTATTATCATCCTACT                         GTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTA
genomic: ATCGTTACATATGGATAATTGGAATGATATATGCTTATTATCATCCTACTgtaagcttcc ... gttgatgtagGTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catggagatacagtccttatgaggtgatattaataatgggcatttgttgatgtagGTGGAGAGGTGGATGGAGAAACTGGAGGAAACAGAAGTGAAACTTAGAGTAGCAATCAAAATGGCTATTGCAACAGTAGCCTTAACG
                        tgatattaataat  TA-rich tract