Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttcaagattttcacagtgttccaattttttattctttttatgtctcatggagatgtaattgataacaagtatgtctgaactaattagatttatcctgcactggaatatagGTGAGGGCCGTGGCAAAGAATTTGATTGAAGCCCAGAATTGGGCTGAAGGCATAAAAGATTGTCTTTGTAAAATTGAATCATGGTCATGTAATCGGAGCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03560.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g03560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G42890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgagtttcaagattttcacagtgttccaattttttattctttttatgtctcatggagatgtaattgataacaagtatgtctgaactaattagatt-tatcctgcactggaatatagGTGAGGGCCGTGGCAAAGAATTTGATTGAAGCCCAGAATTGGGCTGAAGGCATAAAAGATTGTCTTTGTAAAATTGAATCATGGTCATGTAATCGGAGCC
                            | || | | |  || |||  | | |      |    |  |||   |   ||    |  ||| ||  || |         ||| || |||||  | | | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||  |    |||||||| | |||||  ||| |||||    
-------------------------gtgagttctatctatttgttactttttaatatactacggtatatacataccgtgatatacttaactaagttctgcttctttttgggatgtagGTTCGAGACATGGTAAAGAATTTGATTGAAGCTCAGAAGTGGGCAGAAGGGATAAGAGACTGCATAACAAAAATTGAGTTATGGTTGTGTCATCGGGATT

upper sequence: Vv02s0025g03560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA11G02580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgagtttcaagattttcacagtgttccaattttttattctttttatgtctcatggagatgtaattgataacaagtatgtctgaactaattagatttatcctgcactggaatatagGTGAGGGCCGTGGCAAAGAATTTGATTGAAGCCCAGAATTGGGCTGAAGGCATAAAAGATTGTCTTTGTAAAATTGAATCATGGTCATGTAATCGGAGCC
                       |||| |  | ||| ||  ||||   | |  |   | | ||       ||   |||   | |   || |    || |  ||    ||||| |||||  | | | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||      |||||||| | |||||  ||| |||    | 
-------------------gttagttctatctatttgttactttttaatatactcctg-tatacacacacactgatatacttaactaaactctgcttcttttg----ggaatgtagGTTCGAGACATGGTAAAGAATTTGATTGAAGCTCAGAAGTGGGCAGAAGGGATAAGAGACTGTGCAACAAAAATTGAGTTATGGTTGTGTCATCAAGACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattgataacaagtatgtctgaactaattagatttatcctgcactggaatatagGTGAGGGCCGTGGCAAAGAATTTGATTGAAGCCCAGAATTGGGCTGAAGGCATAAAAGATTGTCTTTGTAAAATTGAATCATGGTCATGTAATCGGAGCC
                      aactaat  putative branch site (score: 2)
                      aactaattagatttat  TA-rich tract