Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttctttcgatctgcatgagctgtgagctctaaggtgttttgaaagttcaacagcatcttgacaacaatggagtgagcctttgttactttgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCTTTATCACCCCTGGGTGAAGCTTGTTTAAGAATGGATTTGACTGCCATTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03550.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110724183|gb|EE099790.1|EE099790
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAAGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349816388|gb|FQ399498.1|FQ399498
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349815797|gb|FQ400953.1|FQ400953
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349812356|gb|FQ406377.1|FQ406377
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCATTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349822082|gb|FQ408411.1|FQ408411
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|110718884|gb|EE096229.1|EE096229
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|351015072|gb|FQ444361.1|FQ444361
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349812229|gb|FQ411824.1|FQ411824
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCATTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349818651|gb|FQ403286.1|FQ403286
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCATTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349822573|gb|FQ412797.1|FQ412797
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|351042322|gb|FQ442789.1|FQ442789
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCATTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
EST: gi|349813169|gb|FQ411409.1|FQ411409
EST:     ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAG                         GTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT
genomic: ATCCAAAGTCATTAGTTGCTGCTTTAATTCCTCTTCAGAAGGAAACTGAGgttagtttat ... tgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttcaacagcatcttgacaacaatggagtgagcctttgttactttgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCTTTATCACCCCTGGGTGAAGCTTGTTTAAGAATGGATTTGACTGCCATTC
            tcttgac  putative branch site (score: 3)
 ttacttt  putative PPT
 tttgtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttttctttcgatctgcatgagctgtgagctctaaggtgttttgaaagttcaacagcatcttgacaacaatggagtgagcctttgttactttgttgtgcagGTTCCTTCTCATGTATTGATGGGTATGCCTCAAAGTGGTGCAACTTTACCTTTATCACCCCTGGGTGAAGCTTGTTTAAGAATGGATTTGACTGCCATTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - -catgagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaacaa