Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtctgcaccctgaagtactagtcttctttcatttatatcaatatgcatgctgaaacttttgaaatcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g00950.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA12G08720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtatgtgtctgcaccctgaagtactagtcttcttt-catttatatcaatatgcatgctgaaact-tttgaaatcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG
                    |||      |||| |  |||||||   | |    | || |   |  ||  ||||| |   ||  |    || |  || ||     ||  || |         | |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||| |||| || |||| |||||| || | | |    |
--------------------gtatggactttctatgtatttatacacagacagctactaagtttgcttagaatccaatgtatattgttgttattgttattattattattataa---------tgcagGTGCTGAGTGGTGGGTTCAGCAATTTGGAAAGTCTTTGCCATTCTTAAATTGGCTTCCTTATCTTGGGG

upper sequence: Vv01s0010g00950.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA02G14210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtatgtgtctgcaccctgaagtactagtcttcttt-catttatatcaatatgcatgctgaaactt-ttgaaatcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG-
                    |||      ||||||   ||||||   | |    | || |   || ||  |||||||   ||| |    || |  || ||     ||  ||||       | | |||||||| | |||||||||||  ||||||| |||||| |||| ||||||| |||||| || | | | |  | 
--------------------gtatggactttctttgtgtttatacacacacagctactaatttttcttagaatcccatgtatgttg---ttgttattgttattattattatga------ttatacagGTGCTGAGTGGTGGGTTCAGCAATTTGGGAAGTCTTTGCCATTTTTAAATTGGCTTCCTTATCT-TGCGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043445|gb|FQ444045.1|FQ444045
EST:     GAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTTGC-ANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGG
genomic: GAGGGGCTCATGCTGATATACTTTT-GCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGG
EST: gi|110701014|gb|EE078175.1|EE078175
EST:     ACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
genomic: ACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
EST:     AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
EST:     AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTTGGAA-GTCTATGCCCTTTTTAAAG
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTT-GGAAAGTCTATGCCCTTTTTAA-G
EST: gi|351014955|gb|FQ444244.1|FQ444244
EST:     AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAA
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAA
EST: gi|33409238|gb|CF214865.1|CF214865
EST:     AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
EST:     AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG                         GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG
                              cggtaac  putative branch site (score: 3)
                                          tcctccttttc  putative PPT
           attacttttt  TA-rich tract