Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgttgaaaagttaacttatatcggtttcgatcttgatatgaccacagatgacttgatactaaaacatgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0531g00050.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os09g07830.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
------gtactgttgaaaagtta-actt--atatcggtttcgatcttgatatgaccacagatgacttgatactaaaaca-----tgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG
      ||||| ||| |   |   ||||  || |   | |  ||||  ||       ||       |  |  |||  ||       |||   ||  |||||| |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||| || ||| || ||||||||||| || || ||||||   |||||||||||||||| ||||
agcggagtacttttggagtttagtacttgaatgttattctatatctgaattcctaatcaagaattctattgttaacgcagctatcaattttgttatgcagGCTCCTGAATTATTTACCACTAGCCCGGCACTTGCCATACCTAAGGCTCTTGCTAATGCTGGCTTGGAGTCTTCTCGTGTTGATTACTATGAAATTAATG

upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA07G39870.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtactgttgaaaagttaacttatatcggtttcgatcttgat-atgaccacagatgacttgatactaaaacatgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG
|| || |||| |||||||  |  |   |||| | ||||||| |  |  |      | ||    ||||| ||  | ||  |||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||
gtgct-ttgacaagttaatgttaacatgttttggtcttgattaatattattagc-atttagagctaaagcagcagtgttttg--cagGCGCCTGAATTATTTACAACTGCTCCTTCCCTTGCAATACCAAAAGCTATATCAAATGCTGGTCTTGATGCTTCTCAAATTGATTATTATGAAATAAATG

upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA17G00910.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtactgttgaaaagttaacttatatcggtttcgatcttgatatgaccacagatgacttgatactaaaacatgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG
||  | |||| |||||||  |  |   |||| | |||||||   |    ||   | ||    ||||| ||  | ||  |||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||
gtgtt-ttgacaagttaatgttaacatgtttaggtcttgat-caatattagc--atttagagctaaagcagaagtgttttg--cagGCGCCTGAATTATTTACAACTGCTCCTTCCCTTGCAATACCAAAAGCTATATCAAATGCTGGTCTTGATGCTTCTCAAATAGATTATTATGAAATAAATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30301836|gb|CB978630.1|CB978630
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGTTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCCCCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|30301768|gb|CB978562.1|CB978562
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|34362568|gb|CF404153.1|CF404153
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110358833|gb|EC923335.1|EC923335
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110381509|gb|EC934651.1|EC934651
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|30298600|gb|CB975394.1|CB975394
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110376548|gb|EC941608.1|EC941608
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110378421|gb|EC943552.1|EC943552
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110395476|gb|EC961142.1|EC961142
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
EST: gi|110361851|gb|EC925352.1|EC925352
EST:     TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAG                         GCACCTGAGTTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT
genomic: TTAGACTCCAAGTGATTGCTAAGATTGCAGGATATGGTGATGCTGCTCAGgtactgttga ... gcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgatcttgatatgaccacagatgacttgatactaaaacatgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG
                             tactaaa  putative branch site (score: 1)
                            atactaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactgttgaaaagttaacttatatcggtttcgatcttgatatgaccacagatgacttgatactaaaacatgattggcttgggcagGCACCTGAATTGTTTACAACTACCCCAGCCCTTGCAATACCAAAAGCTATTTCTAATGCTGGCCTGAAGGCTTCTCAAATTGATTACTATGAAATAAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG