Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagctaatcacatatactgttaattgtttcagaacagaaactctgttcatagccttattttcctatttcttgtgtagaatttacttattatacagtaaggtgctataatttgttttctggaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGACATTTCCTTAGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0187g00340.t01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110690312|gb|EE067299.1|EE067299
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|161719983|gb|FC067725.1|FC067725
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110363209|gb|EC926783.1|EC926783
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110402111|gb|EC968746.1|EC968746
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110361741|gb|EC925237.1|EC925237
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|161721615|gb|FC070825.1|FC070825
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110364853|gb|EC928407.1|EC928407
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110372453|gb|EC936619.1|EC936619
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110392090|gb|EC957263.1|EC957263
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|45771743|gb|CN007595.1|CN007595
EST:     TGTGACCC-TGATGCTCTAGAGCCC-TTGC-TGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTAT-TGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110733040|gb|EE108853.1|EE108853
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAA-TATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
EST: gi|110702040|gb|EE080300.1|EE080300
EST:     TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAG                         GACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC
genomic: TTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTGCTTGTGATGCTCCAAAACAGgtagctaatc ... gaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagaatttacttattatacagtaaggtgctataatttgttttctggaaattgcagGACCCTCCTCCCTTGCCGTATCTGGCTGAAAAAATATCCCAAAACTATGACATTTCCTTAGAG
     tttacttattataca  TA-rich tract