1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
...ttgtgctccaattgtcttgtttctttcttttcctgggtcctctcaatagattttgttgctttatttgtttttaatggttttttgtctgttaatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTACTTGCAAGTCGGCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0085g00880.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349827094|gb|FQ421367.1|FQ421367
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGEST: gi|351022976|gb|FQ428885.1|FQ428885
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATG
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGGAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: GAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGCGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
genomic: GAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351012435|gb|FQ427036.1|FQ427036
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGGCTC-TGAAATTGGGGATGCTTTEST: gi|351023404|gb|FQ432787.1|FQ432787
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATG-CTCCTGAAATTGGGGATGCTTT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCTAGCTGGAATACCATCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351012851|gb|FQ430414.1|FQ430414
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAACAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTEST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351024564|gb|FQ426373.1|FQ426373
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTEST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349823645|gb|FQ415055.1|FQ415055
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATGGGGGATGCTTTAEST: gi|351014822|gb|FQ438022.1|FQ438022
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: ACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTTGCC-TTCAAGCTGGAATACCCACCG GGTGCTGTGAATGGGGTCTTTGGAAATTGCTCCTEST: gi|30300500|gb|CB977294.1|CB977294
genomic: ACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTT-GCCCTTCAAGCTGGAATACC-ACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAAT-GCTCCT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATEST: gi|33405914|gb|CF211541.1|CF211541
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAAT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATGCCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGATATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|33407740|gb|CF213367.1|CF213367
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGTCAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351033615|gb|FQ447774.1|FQ447774
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCACCAGCTGAGCTTGTCCTTCAAGCTGGAATACCACCC GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAAEST: gi|71856998|gb|DT006053.1|DT006053
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|110685428|gb|EE062138.1|EE062138
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTTGGAA-TGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTEST: gi|349824141|gb|FQ417528.1|FQ417528
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTT-GGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|110703160|gb|EE079765.1|EE079765
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTTGGAA-TGCTCCCTGAA-TTGGGGATGCTTEST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTT-GGAAATGCTCC-TGAAATTGGGGATGCTT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349827446|gb|FQ422314.1|FQ422314
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGGATGCTTEST: gi|351012714|gb|FQ430277.1|FQ430277
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGG-TGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGG-ATGCTT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGGAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|349828464|gb|FQ417206.1|FQ417206
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCCCCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAGATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|351016508|gb|FQ423935.1|FQ423935
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTAEST: gi|110712898|gb|EE088347.1|EE088347
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: GACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCCTGGCCTTTCA-GCTGGAATAACACCG GGTTGCTGTGGATGTGGTCTTTEST: gi|349832403|gb|FQ420964.1|FQ420964
genomic: GACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTT-CAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGT-GCTGTGAATGTGGTCTTT
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGGTGAATGTGGTCTTTGGAA-TGCTCCTGAEST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTG-TGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGA
EST: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
atagattttgttgctttatttgtttttaatggttttttgtctgttaatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTACTTGCAAGTCGGCAG
tgttaat putative branch site (score: 3)
tttatttgtttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtgctccaattgtcttgtttctttcttttcctgggtcctctcaatagattttgttgctttatttgtttttaatggttttttgtctgttaatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTACTTGCAAGTCGGCAG
- - gctccaa
- - - - - - tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - -ttcctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtctgt