Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g09500.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g27520.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                                                                  |  |  |  |  |  |  || |||            |||  ||| |||  | | | | || |    |   | |  | | | |  ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||| ||||||||
--------------------------------------------------------------------------------gtatttgtcttgcctagtgcaaagccttccctgtcagcgtgattatggtttat-gtttacgattggaatggctgttgt-tctgttcagGACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACG

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G179308_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttg-gccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                                                       ||   ||| |     | | | | || |  || | |           |    ||| | ||  | |  | |||| | ||   |   ||||||   |  ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||
---------------------------------------------------------------------gtatctattgtgttcagtgaaaagcttttcctagttc-----------agcctgatttggtgtcatttt-atgactgcg---tggatcatgt--gttcagGACTTGGATGGAGTTACCCATGTGATATCTGGAGTGTTGGTTGTATTCTTGTTGAGCTTTGCACG

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G063792_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttc--cttgctgatgaat-acgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                                                                            | | |  |        |  |           |  || ||   ||| ||||   | | | || | |  ||  || |  ||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||
-----------------------------------------------------------------------------------------gtatctatcgtgtctattgaaaagcttttcctagttcagctcgatttggtgatattttatgattgtgtggat-cttgttcagGACATGGATGGAGTTACCCATGTGATATCTGGAGTGTTGGTTGTATTCTTGTTGAGCTTTGCACG

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA17G13440.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaa--gtggatatagttccttgct-gatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                          ||   |||    | ||   | |  |    |     || |    | || |  |  |||  |||   |   | |||||   ||   |  | |   |||  | | ||   | ||||    ||| |  | |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
------------------------------------------gtatatata-catactgtaaatgctgtggaaagaatgcctgtctaactg--tgttttgcatgttgacacatgacaatcatgagaagggctatatgcaagctaaagttgattttggcaatgatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGGTTGAGTTATGCACG

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA05G02740.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaa--gtggatatagttccttgc-tgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                       |   |    ||  ||| |      | |   ||    |   ||| |     |   |  |||  |||   |     |||||   ||    | | |   ||  || | ||   | ||||    ||| |  | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| 
--------------------------------------gtatatacacatactgtaca--tgctgtggaaagaatgcctgcctgccttaactgtgttttgcatgttgacacttgacaatcatgagacttgctatatgtgtgctaaagttgattttggcaatggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA04G36360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                                                 |    || || |  |  | |   |     | |||||||               |||   ||| | ||   ||||| | |  | | ||    ||| || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| 
----------------------------------------------------------------gtacataaatattcagtaataatgctatgattttttaatt--------------gtgctgataatgcca-actgattact-tgatattggcaatggttttgtagGACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGCTGTATATTGGTTGAATTATGCACT

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G18530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgt-tgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                ||   | |  | ||||||     | |||| | | |||  |||| | |        || | | |  || || | || ||  | |    |||  |||  | ||   ||||  | |  | | ||    ||| || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||| || |||||||| 
--------------------------------gtacataaatattcagtaaaa-atgctacgagttttt--aattgggta-------catatgctg-ttatacttccaaaacatg----gtgtttatgatgcca-actgaatact-tgatattggcaatggttttgtagGACTTGGGTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGTTGTATACTGGTTGAATTATGCACT

upper sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT4G24740.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                                                                             ||   || ||      || || |||   |  |  || |    | |||||     |   || ||| | |  | ||   |  |||    | ||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
----------------------------------------------------------------------------gtgagtagctc------ttgttataaaaactcattaaaatttttagatatca---caaacttatggagaaacattgccttgtgt----gcagGTCTTGGCTGGAGTTATCCGTGTGATGTTTGGAGCGTTGGATGTATCATAGTGGAGTTGTGCACG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30322713|gb|CD005975.1|CD005975
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|222357016|gb|GH717878.1|GH717878
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|110373955|gb|EC938383.1|EC938383
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|71886247|gb|DT035302.1|DT035302
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|110362754|gb|EC926306.1|EC926306
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|71889805|gb|DT038860.1|DT038860
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|32272087|gb|CD721246.1|CD721246
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|32268109|gb|CD717268.1|CD717268
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|30255726|gb|CB971858.1|CB971858
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|30324825|gb|CD008087.1|CD008087
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|32268970|gb|CD718129.1|CD718129
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
EST: gi|32248754|gb|CD714573.1|CD714573
EST:     GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTG                         GGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACACGGCATTATCGTGCGCCAGAGGTTATTCTTGgtatgccatc ... gtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
                    tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                  ctttttttcatgttt  putative PPT
                                   tttttttcatgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaagtggatatagttccttgctgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG