1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ctatgtttataaggggtgtcagctttgctgcattacatggatcatgaatacaactttctacaccttgatgaaatcttgagtaatgtattcgtttttctagGTTGTTGAAGTGAACATGAAAGTTGAAAACCCTGGGAAGGATAATGTGCACAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAAAACTGCTCAGATCTGAAATGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g09100.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gaatacaactttctacaccttgatgaaatcttgagtaatgtattcgtttttctagGTTGTTGAAGTGAACATGAAAGTTGAAAACCCTGGGAAGGATAATGTGCACAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAAAACTGCTCAGATCTGAAATGCAAG
ccttgat putative branch site (score: 5)
ttcgtttttct putative PPT
taatgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatgtttataaggggtgtcagctttgctgcattacatggatcatgaatacaactttctacaccttgatgaaatcttgagtaatgtattcgtttttctagGTTGTTGAAGTGAACATGAAAGTTGAAAACCCTGGGAAGGATAATGTGCACAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAAAACTGCTCAGATCTGAAATGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - -aggggtg
- - - - - - - - - - - - -tgctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - -tacatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgatg