Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catttttgcaatcttgttcgatatttatttcgacctttcctgattaaagagagaatgcttattgatagcatcaatgttatcgtttggtttcaaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATGAATTCCGAGTCTTTGAGTGTGGTGCAGCAGAAAATCATGGTGGACAAAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g08490.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110419697|gb|EC985945.1|EC985945
EST:     GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGG                         GTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
genomic: GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGGgtataattct ... caaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
EST: gi|34550415|gb|CF518633.1|CF518633
EST:     GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGG                         GTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
genomic: GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGGgtataattct ... caaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
EST: gi|22015330|gb|BQ800364.1|BQ800364
EST:     GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGG                         GTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
genomic: GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGGgtataattct ... caaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
EST: gi|46918420|gb|CN547749.1|CN547749
EST:     GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGG                         GTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCCAATGCTATAATG
genomic: GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGGgtataattct ... caaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
EST: gi|110408373|gb|EC974008.1|EC974008
EST:     GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGG                         GTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG
genomic: GGAAGAAGCTTTCCTTTGAGATAGCAGTTGGTTTAAATGGCCGGGTTTGGgtataattct ... caaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagagagaatgcttattgatagcatcaatgttatcgtttggtttcaaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATGAATTCCGAGTCTTTGAGTGTGGTGCAGCAGAAAATCATGGTGGACAAAC
              tattgat  putative branch site (score: 3)
             ttattgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
catttttgcaatcttgttcgatatttatttcgacctttcctgattaaagagagaatgcttattgatagcatcaatgttatcgtttggtttcaaatgctagGTAAATGCCTCATCTCCATCTACAGTCATCCTTGTTGCGAATGCTATAATGAATTCCGAGTCTTTGAGTGTGGTGCAGCAGAAAATCATGGTGGACAAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - tgcaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - -cctttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatcaa