1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...taactaccaaaaaactgaaaagcttctaatcatgcggcctattaatacaaatgattatggcttaacacaattaaattaactggttttgacttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAAGCAACCTTGGTCGGTAGCCCAATGCCACCAAATCTTGGTCAGGCTTTC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0050g02180.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAA GTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAEST: gi|30134905|gb|CB920243.1|CB920243
genomic: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAAgtaagctctt ... ttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGA
EST: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAA GTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAEST: gi|110698146|gb|EE075377.1|EE075377
genomic: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAAgtaagctctt ... ttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGA
EST: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAA GTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAEST: gi|30321651|gb|CD004913.1|CD004913
genomic: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAAgtaagctctt ... ttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGA
EST: CGAGANGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAA GTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGA
genomic: CGAGAGGGTGCTGATGCAGTTATGCTTTCTGGAGAAACTGCTCATGGAAAgtaagctctt ... ttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGA
tacaaatgattatggcttaacacaattaaattaactggttttgacttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAAGCAACCTTGGTCGGTAGCCCAATGCCACCAAATCTTGGTCAGGCTTTC
gacttac putative branch site (score: 2)
ttaacacaattaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taactaccaaaaaactgaaaagcttctaatcatgcggcctattaatacaaatgattatggcttaacacaattaaattaactggttttgacttacatgcagGTTTCCCTTGAAAGCTGTGAAAGTCATGCATACAGTTTCCTTAAGAACTGAAGCAACCTTGGTCGGTAGCCCAATGCCACCAAATCTTGGTCAGGCTTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - -caaaaaa
- - - - - - - - gaaaagc
- - - - - - - - - - - - - - - catgcgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattaa