1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...atatcagctggtttgcatggcatgaaaccacatgttccattcagtcctgtatgatttgttattatcatctcatctaactctgcatagtatctttatgtagGGAAGTGGAGGATTTTGCTCGGAGATTGAATTCAGATTGGCCGGAAAGAATGCAAGAAATTCTCTCTCTGGGTCAACAAAGAAGGCTTGTACCAATATCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0050g00720.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGATATTGATGATGAGTTAGATCCTGCAATGAAGGAACAACTTGACAG GGAAGTGGAGGATTTTGCTCGGAGATTGAATTCAGATTGGCCGGAAAGAAT
genomic: GGAGATATTGATGATGAGTTAGATCCTGCAATGAAGGAACAACTTGACAGgttagatgaa ... ctttatgtagGGAAGTGGAGGATTTTGCTCGGAGATTGAATTCAGATTGGCCGGAAAGAAT
cctgtatgatttgttattatcatctcatctaactctgcatagtatctttatgtagGGAAGTGGAGGATTTTGCTCGGAGATTGAATTCAGATTGGCCGGAAAGAATGCAAGAAATTCTCTCTCTGGGTCAACAAAGAAGGCTTGTACCAATATCT
atctaac putative branch site (score: 2)
tatcttt putative PPT
atgatttgttattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatcagctggtttgcatggcatgaaaccacatgttccattcagtcctgtatgatttgttattatcatctcatctaactctgcatagtatctttatgtagGGAAGTGGAGGATTTTGCTCGGAGATTGAATTCAGATTGGCCGGAAAGAATGCAAGAAATTCTCTCTCTGGGTCAACAAAGAAGGCTTGTACCAATATCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- -tcagctg
- - - - - - - gcatggc
- - - - - - - - - - - - aaaccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actctgc