1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaagctcccaaacctttgttctggtttggaactcatcaattcatctgaaatctttaaccatatccattcacttgtttaatgcatgcatttggttgtcaattgttttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTACCAGCCAACATGTTTTCAGCAGGAAGAGGATGTGAATGTTGATGATGTGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g02740.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCCTGTAACT CGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTACEST: gi|32249979|gb|CD715798.1|CD715798
genomic: ATCCTGTAACTgtaagctccc ... tttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTAC
EST: CTGGTGCAAAGAAGCTGATAAACCGTATTCTTGATCCCAATCCTGTAACT CGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTACEST: gi|110687296|gb|EE064582.1|EE064582
genomic: CTGGTGCAAAGAAGCTGATAAACCGTATTCTTGATCCCAATCCTGTAACTgtaagctccc ... tttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTAC
EST: CTGGTGCAAAGAAGCTGATAAACCGTATTCTTGATCCCAATCCTGTAACT CGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGTTAC
genomic: CTGGTGCAAAGAAGCTGATAAACCGTATTCTTGATCCCAATCCTGTAACTgtaagctccc ... tttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTAC
catatccattcacttgtttaatgcatgcatttggttgtcaattgttttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTACCAGCCAACATGTTTTCAGCAGGAAGAGGATGTGAATGTTGATGATGTGG
gtttaat putative branch site (score: 4)
ttgttttc putative PPT
ttgtttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctcccaaacctttgttctggtttggaactcatcaattcatctgaaatctttaaccatatccattcacttgtttaatgcatgcatttggttgtcaattgttttcgtgcagCGGATAACAATTCCTGAAATCTTGGAAGATGGATGGTTCAAGAAAGGGTACCAGCCAACATGTTTTCAGCAGGAAGAGGATGTGAATGTTGATGATGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG