Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtcatgatatctaaacaatcataagttagaaagatgaaaagaaagtcatctattgctaatccaaactccaaaccaacctgtcgattgtgggattgttagatggtttcttttgggagtaatttgttatgaaattttataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGTATCATTACTTGAACCATTATAATCTATTTGGATCAGGCTACAGGTCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01810.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT3G61080.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
gtatggtcatgatatctaaacaatcataagttagaaagatgaaaagaaagtcatctattgctaatccaaactccaaaccaacctgtcgattgtgggattgttagatggtttcttttgggagtaatttgttatgaaattttataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGTATCATTACTTGAACCATTATAATCTATTTGGATCAGGCTACAGGTCTT
                                                                         |   |    ||  |  ||   | ||      |       |||   |  |  ||||||       |   | |   |||| |||||||||||||| || |  ||||||||||| ||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||| | || |
--------------------------------------------------------------------gttctcttccttttctcacagtttctgtatcaactaaaatcaagtttaaaggttgttttgtttcattgctccctca---agGTAATGCCAAAACAAGCGGGATATGAGAAGAGGAGGGATCTGTATTTGCTCTATCATTACTTGAACCATTATAACCTGTTTGGCTCGGGCTACCGATCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28966833|gb|CB345866.1|CB345866
EST:     TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: gi|30320371|gb|CD003633.1|CD003633
EST:     TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: gi|351044742|gb|FQ448996.1|FQ448996
EST:     TGTCATGGTGTGCTGGCTTTTGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAA
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAA
EST: gi|32245151|gb|CD710970.1|CD710970
EST:     TGTCATGGTGTGTTGGCTTTGGAGGATCTTTTTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGAGGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: gi|18458320|gb|BM436598.1|BM436598
EST:     TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: gi|28966778|gb|CB345811.1|CB345811
EST:     TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG                         GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggattgttagatggtttcttttgggagtaatttgttatgaaattttataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGTATCATTACTTGAACCATTATAATCTATTTGGATCAGGCTACAGGTCTT
                         agtaatttgttatgaa  TA-rich tract