Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegttattatctattttcctgttgtgaatttattgccatattttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
---------gttattatctattttcctg--ttgtgaatttattgccatatt-------ttctcagttagatttattgaatatgatgatttt-gcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
| || | | ||| | |||| | | || ||||| ||| | || || || || |||| | |||| | ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| | ||||| || | |||
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
upper sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
---------------------gttatta-tctattttcctgtt--gtgaatttattgccatattttctcagttagat-ttattgaatatgatgattttgcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
| || | | || |||| | || || || | | | ||| ||| | || | |||| ||| | ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| | | |||
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
upper sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gttattatctattttcctgttgtgaattt-attgccatattttct--cagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
|||| | | | | | ||||| | | || | |||| | | | | ||| ||| | | ||| | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| | || |||
gttaaaaa-tgtctcttcactatgaatatgaatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaatctgcac-cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
upper sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gttatt----atctattttcctgttgtgaatttattgccatatt-ttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
||| || || | | ||| | ||||| | | ||| ||||| | ||| ||| | || ||| | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||| | || |||
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcacct---tttgatgactgtgttgaatctgcac-cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
upper sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gttattat-ctattttcctgttgtgaatttattgccatattttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
||| | | || | | || | | | || || |||| || | || ||| || | | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||| |||| |||
gttttaaggctcatctactacatttactcctcaagtccatattgatagtttatttctctaaac--gattgaggtgtaactgtagATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tattgccatattttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
atttattgaatatgat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gttattatctattttcctgttgtgaatttattgccatattttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA