Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatttaatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g02040.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g02040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g45650.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatttaatt-tgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG
      | | |||     |||  ||  | | ||  || || | |  | |   ||| ||| |   ||  ||||||||   | |  | |  |    | | ||||| || |||||||| || || || |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||
-----gtatgttgattactctaccttcagggttg-tggttcattgataactgatagtttgtaattttctgtgtgct--ttgaactgacaattttctttcagGCTTACATGTATGGGTTTTTCAAGAACAAGCGCATTGTTCTCTATGACACGTTGATTCAGCAG

upper sequence: Vv15s0046g02040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G813909_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
---caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatttaatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG
      ||||| ||  |   |||| | ||||   | | |  |      | | | | ||   || |  || ||     | |  | |    |||    | | |||||||| |||||||| || || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
gtatgttaattactc-tatgttctgagtatagtttcattact---gcctaataaacaacaatt-taatgctgctatttgaaccgt----tgattctctttcagGCCTACATGTATGGTTTTTTCAAGAACAAGCGCATAGTACTCTATGACACATTGATTCAGCAG

upper sequence: Vv15s0046g02040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G702159_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatt-taatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG
                          |||| | | |  || || | ||||  || | |  | |  || ||     | |  |||    |||    | | ||||| || ||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||
-------------------------gtatgttaattacttatattctgagccattaataatttagtgctgctatttgaaccat----tgattctctttcagGCTTACATGTATGGATTTTTTAAGAATAAACGCATAGTACTCTATGACACATTGATTCAGCAG

upper sequence: Vv15s0046g02040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA09G39150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
caataatttcttg----tggtttctcactatatgcttactgat-ttaatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG
   | || ||||       | |    |  |||  ||| |  || | | ||| |  |  | ||| |    |    ||   ||| | ||  |||  | |   ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||
--cttatgtcttaaaaaaaggtatagaaaatagtctttcatatgtcatttttatctccagtttgtaaagttgcttgaaataatttat-ctatatatat--tgcagGCCTATATGTATGGATTCTTCAAGAACAAGAGGATTGTCCTTTATGACACATTAATTCAACAG

upper sequence: Vv15s0046g02040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA18G47190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatttaatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatatta-----tgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG-
      | | ||||      | |   |||    | |  | |    ||  ||||  || |  ||   ||||    |  ||   | ||     |  | |   ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| || || ||||||||||| ||||| ||| 
-----ttatgttgtaaaaaataaa-gtatagaaaatagtctttcatgtcatatttttatcttcagtttgtaaatttgcttgaaataatttctatatatattgcaggCCTATATGTATGGATTCTTCAAGAACAAGAGGATTGTGCTTTATGACACATTAATTCAACAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349814570|gb|FQ399210.1|FQ399210
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|30304044|gb|CB980838.1|CB980838
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTGTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351052220|gb|FQ452374.1|FQ452374
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351043081|gb|FQ451254.1|FQ451254
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351012828|gb|FQ430391.1|FQ430391
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351045038|gb|FQ449292.1|FQ449292
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATGGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|30304107|gb|CB980901.1|CB980901
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTGTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351040629|gb|FQ438173.1|FQ438173
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351033796|gb|FQ447834.1|FQ447834
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|349820667|gb|FQ408496.1|FQ408496
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351044625|gb|FQ443156.1|FQ443156
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351043828|gb|FQ452622.1|FQ452622
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGGTGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
EST: gi|351029807|gb|FQ427647.1|FQ427647
EST:     TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAAT                         GCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA
genomic: TAAAGAAGTTGTTCGTTGTTGATGGATCTACAAGGTCAAGCCATAGCAATgtgaggtttc ... aaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG
                          tgctaac  putative branch site (score: 1)
     tataatttttctctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caataatttcttgtggtttctcactatatgcttactgatttaatttgagatataatttttctcttgttgtgtgctaactcatattatgaaaaccatgcagGCCTATATGTATGGATTCTTTAACAACAAGCGGATAGTCCTCTATGACACATTGATTCAGCAG

- - - - - ttgtggt
- - - - - - - - - -ctcacta
- - - - - - - - - - - - - - tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactcat