1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtttattgatttgaaataatagttctaatttgcatgattatgcatgaattaaccttattaatttccttttataacattcaatggtttttttaatgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTTAGGAATGGCATTTCTAGCAGTTGCTGCTCCCTCTTTGCCATGTGTTTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0036g00430.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|46918077|gb|CN547406.1|CN547406
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|110357644|gb|EC921282.1|EC921282
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|71866162|gb|DT015217.1|DT015217
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|22008216|gb|BQ793250.1|BQ793250
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|71877245|gb|DT026300.1|DT026300
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|352776869|gb|FQ474176.1|FQ474176
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|110359437|gb|EC920918.1|EC920918
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTEST: gi|110406253|gb|EC971820.1|EC971820
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
ttaaccttattaatttccttttataacattcaatggtttttttaatgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTTAGGAATGGCATTTCTAGCAGTTGCTGCTCCCTCTTTGCCATGTGTTTT
ttattaatttcctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttattgatttgaaataatagttctaatttgcatgattatgcatgaattaaccttattaatttccttttataacattcaatggtttttttaatgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGTTAGGAATGGCATTTCTAGCAGTTGCTGCTCCCTCTTTGCCATGTGTTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT