1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aggtggttttgtttaggacagcgttgctatgtttgcttgtgatgcatagcaaacatagaaaatttgggatgttcatgagtttgcttgtgtttttttccagGAAATAGCAGAGCTGTTGGCCATGAGAGCACAAGAGGTGGGGCGGTCATCATCCACCAGGAGTCCATTTGCAGATGCTGCCAAGGCAGCTGGGTATGGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0055g01130.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atagcaaacatagaaaatttgggatgttcatgagtttgcttgtgtttttttccagGAAATAGCAGAGCTGTTGGCCATGAGAGCACAAGAGGTGGGGCGGTCATCATCCACCAGGAGTCCATTTGCAGATGCTGCCAAGGCAGCTGGGTATGGAG
cttgtgtttttttcc CT-rich tract
aaacatagaaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggtggttttgtttaggacagcgttgctatgtttgcttgtgatgcatagcaaacatagaaaatttgggatgttcatgagtttgcttgtgtttttttccagGAAATAGCAGAGCTGTTGGCCATGAGAGCACAAGAGGTGGGGCGGTCATCATCCACCAGGAGTCCATTTGCAGATGCTGCCAAGGCAGCTGGGTATGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
-ggtggtt
- - - - - - - - - - - - -gctatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - gcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgag