1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...taactcataacataacattacaaaataatataaattctaacggtatctatgtatgtatgttttatgtttatgttaaatgtgatatcccaatggcatgcagGCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTCATTGTTCTGAAGATGAAGCCTCCAGCTCATCGCCCACAAATA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g00190.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTATGGAGTTCCAACAAGTGATATCAAATTATTTTCCTTAATGCAGAAG GCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTCEST: gi|71859995|gb|DT009050.1|DT009050
genomic: CGTATGGAGTTCCAACAAGTGATATCAAATTATTTTCCTTAATGCAGAAGgtttgatctt ... tggcatgcagGCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTC
EST: CGTATGGAGTTCCAACAAGTGATATCAAATTATTTTCCTTAATGCAGAAG GCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTC
genomic: CGTATGGAGTTCCAACAAGTGATATCAAATTATTTTCCTTAATGCAGAAGgtttgatctt ... tggcatgcagGCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTC
tctatgtatgtatgttttatgtttatgttaaatgtgatatcccaatggcatgcagGCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTCATTGTTCTGAAGATGAAGCCTCCAGCTCATCGCCCACAAATA
tatgtatgttttatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taactcataacataacattacaaaataatataaattctaacggtatctatgtatgtatgttttatgtttatgttaaatgtgatatcccaatggcatgcagGCTGCTTACACAGTAGGAGGGCACTCTTTCAATGCAGTTGACATTGAGTTCATTGTTCTGAAGATGAAGCCTCCAGCTCATCGCCCACAAATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
-aactcat
- - - - aacataa
- - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcccaa