Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctggtttgtgctattaaccagaccatatgctttccctacgtgtttatagtatgcaaaatttatactgggactctgaaatatttttgtgcatgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCCAAGACAACATACCCATCTGTGCTTCAATATTCTCACAGCACCTGGCCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g05250.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA15G01520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
-tctggtttgtgctattaaccagaccatatgctttccctacgtgtttatagtatgcaaaatttatactg--ggactctgaaatatttttgtgcatgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCCAAGACAACATACCCATCTGTGCTTCAATATTCTCACAGCACCTGGCCC
 |||  | |||    |       ||  | |   || |   | |  | |     |  || ||    ||||      | |     || | ||   ||   |||||||||| ||||||||  | ||  | | | | |  | |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || ||||
ttcttctctgtaacgtagttgttactttttcagttgcaaccttcgtaactagttaaaagatcagcactgcctagtttttcctaatatctgattat---tgcagATAGCGTACCCCTCTGAAGTAAAAGACTTCGCTGAACAACTTCTCAAAGTTCAAGACAACATTCCCATCTGTGCTTCAATATTATCACAGTATCTTGCCC

upper sequence: Vv09s0002g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G43830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
tctggtttgtgctat--taaccagaccatatgctttcc-ctacgtgtttatagtatgcaaaatttatactgggactctgaaatatttttgtgcatgcct---gcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCCAAGACAACATACCCATCTGTGCTTCAATATTCTCACAGCACCTGGCCC
 ||  | ||    ||  ||   | |   |  | |     || |||   ||  || |  || ||    ||||     ||    | |  |  | | ||  |   |||||||||||| |||||  | ||  | | | |||  | |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || ||||
-cttctctgcaacatagtagttatattttcagttgcaaacttcgtaactagtgt-taaaagatgagcactg----cctagtctgtcctaatacctgattattgcagATAGCATATCCCTCTGAAGTAAAAGACTTTGCTGAACAACTTCTCAAAGTTCAAGACAACATTCCCATCTGTGCTTCAATATTATCACAGTATCTTGCCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110357111|gb|EC920430.1|EC920430
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|26258389|gb|CA809452.1|CA809452
EST:     CCTTCTCAAAAGCCTATGGGGATGATGGGATGGGCGGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGGCCTTGGCGCACAACTCCCTCAAAG
genomic: CCTTCTCAAAAGCCTAT-GGGATGATGGGAT-GGC-GAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGA-GGGCCTTGGCGCACAACT-CCTCAAAG
EST: gi|110386740|gb|EC951361.1|EC951361
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|161714897|gb|FC064519.1|FC064519
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCCTCAA
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCC-TCAA
EST: gi|110723540|gb|EE100970.1|EE100970
EST:     GGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: GGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|349816605|gb|FQ399594.1|FQ399594
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|110410711|gb|EC976403.1|EC976403
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|110378361|gb|EC943489.1|EC943489
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|110386759|gb|EC951381.1|EC951381
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|22011786|gb|BQ796820.1|BQ796820
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|110693324|gb|EE069456.1|EE069456
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: gi|110394684|gb|EC959919.1|EC959919
EST:     TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT                         ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatagtatgcaaaatttatactgggactctgaaatatttttgtgcatgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCCAAGACAACATACCCATCTGTGCTTCAATATTCTCACAGCACCTGGCCC
     tatgcaaaatttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctggtttgtgctattaaccagaccatatgctttccctacgtgtttatagtatgcaaaatttatactgggactctgaaatatttttgtgcatgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCCAAGACAACATACCCATCTGTGCTTCAATATTCTCACAGCACCTGGCCC

- - -tttgtgc
- - - - - - - - - ccagacc
- - - - - - - - - - - - - - - ctttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atactgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctgaa