Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaagtcaaggcttatgtggaggtattgaagtttactgcattaaaaaatgttatggtatacagactcacctcgaaccatctaatattgccacttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGGGCATATGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g03250.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30253288|gb|CB970839.1|CB970839
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATCCCCCGTCAAAGCTACCACCCAAACCCCTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|27755146|gb|CB035901.1|CB035901
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|30253209|gb|CB970760.1|CB970760
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCAGANAAACCACTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|110370952|gb|EC934597.1|EC934597
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|110413628|gb|EC979423.1|EC979423
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCGAACCACTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|110423056|gb|EC989391.1|EC989391
EST:     ACTTTGACAGCAGGTTTTGCCATGATTGGTCGCATGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGG
EST: gi|28959489|gb|CB339745.1|CB339745
EST:     ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGGAAG                         GGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCNNNNCCACTTGAACTATG
genomic: ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGG-AAGgtcagatggt ... acttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgttatggtatacagactcacctcgaaccatctaatattgccacttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGGGCATATGAG
                                           ccacttct  CT-rich tract
                                atctaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttaagtcaaggcttatgtggaggtattgaagtttactgcattaaaaaatgttatggtatacagactcacctcgaaccatctaatattgccacttctgcagGGGAGCTCTTATACACCGTCAAAGCTACCACCCAAACCACTTGAACTATGGGCATATGAG

- - - - - gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tattgcc