1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tacttaaatttgaatccaatggaaaaaaaagcatagtgatgtcatttccatatggtttttgaatgctgccttcagctgttttactttttccacttctcagGGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAGATGAGTGGTGGTGGGGATGATGAGTCCATGGGAGTTGAAGAAGATGCTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g05860.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGAACTTCCTCCTAATTCTCCTCTCAGTTTTGATGAGAAGATGCTTGAG GGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAGEST: gi|110724739|gb|EE100829.1|EE100829
genomic: TTGAACTTCCTCCTAATTCTCCTCTCAGTTTTGATGAGAAGATGCTTGAGgtttgtgagc ... cacttctcagGGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAG
EST: TTGAACTTCCTCCTAATTCTCCTCTCAGTTTTGATGAGAAGATGCTTGAG GGTGATGTACAACCACAACCCTCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAG
genomic: TTGAACTTCCTCCTAATTCTCCTCTCAGTTTTGATGAGAAGATGCTTGAGgtttgtgagc ... cacttctcagGGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAG
ttccatatggtttttgaatgctgccttcagctgttttactttttccacttctcagGGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAGATGAGTGGTGGTGGGGATGATGAGTCCATGGGAGTTGAAGAAGATGCTG
ctgttttactttttcc CT-rich tract
ttttacttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacttaaatttgaatccaatggaaaaaaaagcatagtgatgtcatttccatatggtttttgaatgctgccttcagctgttttactttttccacttctcagGGTGATGTACAACCACAACCATCAACTCAAGGGGATCAAGAAGCCAAAGAGATGAGTGGTGGTGGGGATGATGAGTCCATGGGAGTTGAAGAAGATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - aatccaa
- - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccttca