Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatgtcagcttactgcatttgtgtgtctttatgaatttcatcttatgttacctaaaaaataaaattttacaagGCCAATGTCAAGTTAGCTGCTGCTGAGGAAGCTCTTGCACTATCAATATGGACAACAGCAACAGTTTGTCGAGTTCTCTCCCTTGAAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g04510.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT2G20320.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
-----------gtatgatgtcagcttactgcatttgtgtgtctttatgaatttc--atcttatgttacctaaaaaataaaattttacaa-gGCCAATGTCAAGTTAGCTGCTGCTGAGGAAGCTCTTGCACTATCAATATGGACAACAGCAACAGTTTGTCGAGTTCTCTCCCTTGAAAGT
            |  |||   | | |  || | |   || |  |   || |||   |||| || | | | |          | |  ||| |   ||||  | ||| || ||||||||||| ||  | |  || ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |
gtatatttgatatcagataatatccttttgtagtctagtcttgtctcgactttataatctcatctcaaccacttttcttcttctgccaaagATAAATGCAAGGTTGGCAGCTGCTGAGGAGGCCATGGGTCTCTCAATGTGGACAACGGCAACAGTTTGTCGTATTCTCTCACTTGAAACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgtgtctttatgaatttcatcttatgttacctaaaaaataaaattttacaagGCCAATGTCAAGTTAGCTGCTGCTGAGGAAGCTCTTGCACTATCAATATGGACAACAGCAACAGTTTGTCGAGTTCTCTCCCTTGAAAGT
                               acctaaa  putative branch site (score: 3)
               aatttcatcttatgtt  TA-rich tract