Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataaatacagcattcttcttcattatcaggttctagataggttaactaccgtctaagctcctaatgttttatgtgacagGTATCCCAAAAGTATGGTTTGATATATGTGATAACAAAGCTTGGACTTCTATTCGTGTATGACCTAGAGACGGCTAGTGCAGTTTACAGAAACCGAATTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06860.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA11G06720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtataaatacagcattcttcttcattatcaggttctagataggttaactaccgtctaagctcctaatgttttatgtgacagGTATCCCAAAAGTATGGTTTGATATATGTGATAACAAAGCTTGGACTTCTATTCGTGTATGACCTAGAGACGGCTAGTGCAGTTTACAGAAACCGAATTA
|||||| |  |     |||  |   | ||   | | | |||       |   ||  ||  |   | |  |||||    ||| | ||  | |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |
gtataagtgtaaa---ctttatggctctctattccca-ataaaca---ttttgttgaatatttgacttgtttattgtgcagATTTCAAATAAGTATGGCTTGATATATGTTATCACAAAACTTGGGCTTTTATTTGTGTATGATCTAGAGACTGCCACTGCAGTTTACAGAAATCGAATCA

upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA01G38580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtataaatacagcattcttcttcattatcaggttctagataggttaactaccgtctaagctcctaatgttttatgtgacagGTATCCCAAAAGTATGGTTTGATATATGTGATAACAAAGCTTGGACTTCTATTCGTGTATGACCTAGAGACGGCTAGTGCAGTTTACAGAAACCGAATTA
|||||| |  |   ||  |  |     ||   |||   |||    || ||   |  ||| |     ||||||||    ||| | ||  | |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||| || ||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |
gtataagtgtaaactttatggt-----tcgtattcccaataaa--aattatgttgaaagtttgacttgttttattatgcagATTTCAAATAAGTATGGCTTGATATATGTTATCACAAAACTTGGGCTTTTATTTGTCTATGATCTAGAGACTGCCACTGCAGTTTACAGAAATCGAATCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaggttctagataggttaactaccgtctaagctcctaatgttttatgtgacagGTATCCCAAAAGTATGGTTTGATATATGTGATAACAAAGCTTGGACTTCTATTCGTGTATGACCTAGAGACGGCTAGTGCAGTTTACAGAAACCGAATTA
                                  tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                     taatgttttat  TA-rich tract