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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtgctctctttcactgattgtcttggttttatgtttttatttttatttttatataactaatgagggaattctgatattctcacatctcatgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGTATTGACACTCCAACAAGGTTTGAGGCTCCCCAAGATTCTTGATCTGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g00060.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32269728|gb|CD718887.1|CD718887
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|22015318|gb|BQ800352.1|BQ800352
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|71873406|gb|DT022461.1|DT022461
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|30323945|gb|CD007207.1|CD007207
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|71878566|gb|DT027621.1|DT027621
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|45771052|gb|CN006904.1|CN006904
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|110702984|gb|EE079435.1|EE079435
EST:     GATGAAGTTTTGCCAAATTAAGTCATCGCCTCTGGGAAGGACTTTTAATT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCCCGGA-TCCTGCTGTATG
genomic: GATGAAGTTT-GCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGG-AGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCT-GGACTC-TGCTGTATG
EST: gi|30136602|gb|CB921940.1|CB921940
EST:     ATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: ATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|30324176|gb|CD007438.1|CD007438
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|32271663|gb|CD720822.1|CD720822
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|32269177|gb|CD718336.1|CD718336
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|46918396|gb|CN547725.1|CN547725
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|110402787|gb|EC963454.1|EC963454
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|71879747|gb|DT028802.1|DT028802
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|351023471|gb|FQ432854.1|FQ432854
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|32269126|gb|CD718285.1|CD718285
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATG
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATG
EST: gi|32267669|gb|CD716632.1|CD716632
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|110716628|gb|EE091786.1|EE091786
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|32247692|gb|CD713511.1|CD713511
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
EST: gi|161711815|gb|FC058742.1|FC058742
EST:     GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTT                         GGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT
genomic: GTGATGAAGTTTGCCAGATTAAGTCATCGCTTCTGGAGGGACTTTTAGTTgtaagtttcc ... tgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttttatataactaatgagggaattctgatattctcacatctcatgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGTATTGACACTCCAACAAGGTTTGAGGCTCCCCAAGATTCTTGATCTGTTG
                                ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                                ttttc  putative PPT
     tatataactaatga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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agtgctctctttcactgattgtcttggttttatgtttttatttttatttttatataactaatgagggaattctgatattctcacatctcatgattttcagGGAATTGTTTTGCTTATAATCTTGATATCTGGACTCTGCTGTATGATGGGTATTGACACTCCAACAAGGTTTGAGGCTCCCCAAGATTCTTGATCTGTTG

- tgctctc
- - - - - - - - - -tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcacat