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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggacattaatggttgctttttcattggtgcacttaatctataaaatgatcaaccttctcactctaattaatgtttatttgccttatttttttctcagGTGGTTTCTCTCGTTGTCACACAATTTCGCAGCCATCTATCTAAGGCACTTGTGCTGACAAACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00930.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37190043|gb|CF609392.1|CF609392
EST:     AGAGTGTTTCTTCATAAAGGGCATGCATATGTTGCTATGAATCAG                         GTGGTTTCTCTTGTTGTCCCACAATTTCGCAGCCTTTTATCTAAGGCACTT
genomic: AGAGTGTTTCTTCAGAAAGGGCATGCATATGTTGCTATGAATCAGgtggacatta ... tttttctcagGTGGTTTCTCTCGTTGTCACACAATTTCGCAGCCATCTATCTAAGGCACTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgatcaaccttctcactctaattaatgtttatttgccttatttttttctcagGTGGTTTCTCTCGTTGTCACACAATTTCGCAGCCATCTATCTAAGGCACTTGTGCTGACAAACAG
                              tttatttgccttattt  CT-rich tract
                     taattaatgtttattt  TA-rich tract