1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...cacatggattagcctgtgattagatcagcaggccactcttctttagtgggataaccatcttttgggtttgatatgtttgctaatttaaacatgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCTCGCGTCTTCCATTTGATGCTGGTTTTGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0063g00610.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30324434|gb|CD007696.1|CD007696
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30325540|gb|CD008802.1|CD008802
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30323833|gb|CD007095.1|CD007095
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30324659|gb|CD007921.1|CD007921
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|32268767|gb|CD717926.1|CD717926
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|71861362|gb|DT010417.1|DT010417
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30323535|gb|CD006797.1|CD006797
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30325285|gb|CD008547.1|CD008547
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|30324785|gb|CD008047.1|CD008047
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|32248693|gb|CD714512.1|CD714512
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCEST: gi|32248870|gb|CD714689.1|CD714689
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
EST: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGAT GTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
genomic: CACGCCATGTCCTTGTGAAAATAATTTATGCCGGTGTTAATGCTAGTGATgtaagtctgc ... atgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGC
gtgggataaccatcttttgggtttgatatgtttgctaatttaaacatgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCTCGCGTCTTCCATTTGATGCTGGTTTTGAG
tgctaat putative branch site (score: 2)
taatttaaacatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacatggattagcctgtgattagatcagcaggccactcttctttagtgggataaccatcttttgggtttgatatgtttgctaatttaaacatgttggcagGTGAACTTTAGCTCAGGCCGTTATTTTGGTGGAAATGACAAAGACCTTGGCTCGCGTCTTCCATTTGATGCTGGTTTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
cacatgg
- - - - - - - - - - - - - - - -gccactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgc