Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattcttttaattacttgtagtttttggatttccatatgttttcatgttgacattctgaatttttggttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATTATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g01740.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349816624|gb|FQ399613.1|FQ399613
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCGCCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|30137883|gb|CB923221.1|CB923221
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|22013779|gb|BQ798813.1|BQ798813
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|110411137|gb|EC976839.1|EC976839
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|30136439|gb|CB921777.1|CB921777
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|349823327|gb|FQ402526.1|FQ402526
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCGCCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
EST: gi|349809177|gb|FQ398950.1|FQ398950
EST:     TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAG                         GTTGGCTACGTCACCGCCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT
genomic: TACAGCGCTTTCCTGTAGAGTCAAAAGGAAGACGTAAGAAGCTGCAAGAGgtaaattctt ... ttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttggatttccatatgttttcatgttgacattctgaatttttggttttgtgcagGTTGGCTACGTCACCACCATATGTTTCTCATGTTTCCTTGTTAGATGCATTATG
                       tgttgac  putative branch site (score: 3)
            atatgtttt  TA-rich tract