Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatgcttctatattaattttatagtgctgttgaatgctctgataaatggtgtattgatgctttttcaaatgggagcagGTGGCTCGAAAGATGAAGGATGAAGATGGCTTCTTCTATCCCCACAACCTTGATTTTCGAGGTCGTGCCTACCCCATGCATCCATATTTAAACCATCTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00690.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA16G13080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
---------------------------gtaagatgcttctatattaattttatagtgctgttgaatgctctgataaatggtgtattgatgctttttcaaatgggagcagGTGGCTCGAAAGATGAAGGATGAAGATGGCTTCTTCTATCCCCACAACCTTGATTTTCGAGGTCGTGCCTACCCCATGCATCCATATTTAAACCATCTTG
                            | || |   | |  | |  |||    ||| ||||| || ||      | || || | ||  |||||||    ||     |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||
gtaagaaatctccttcccctgaagagattgagttatatatcaaatgctttccaggtgatgttgcattcttc----attgttgcactg--gcttttttcgctg----tagGTTGCTCGAAAGATGAAGGATGAAGAAGCCTTCTATTATCCTCACAATCTTGATTTTCGAGGGCGAGCTTATCCCATGCACCCATATTTGAATCATCTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgctgttgaatgctctgataaatggtgtattgatgctttttcaaatgggagcagGTGGCTCGAAAGATGAAGGATGAAGATGGCTTCTTCTATCCCCACAACCTTGATTTTCGAGGTCGTGCCTACCCCATGCATCCATATTTAAACCATCTTG
                            tattgat  putative branch site (score: 3)
                                     tttttcaaat  TA-rich tract