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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgctcttaaggtttttggaattgtttcaaatgtttgttgtgtttgtatatttgatgtagtccatcgcatgtagcatatactgatggctttgtctttgtgatattgctgatccatgagcatgtgatttgctttctttagATGGTTGATTTGTCTGCTTCAGAAACAAGGACAGAATTTGAGCTGCAAAAGGGTGTTATAAGCGAATTACAAGATCGTTTGGCAGATGCAGAGCTTCGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0532g00020.t01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0532g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G32450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtaatgctcttaaggtttttggaattgtttcaaatgtttgttgtgtttgtatatttgatgtagtccatcgcatgtagcatatactgatggctttgtctttgtgatattgctgatccatgagcatgtgatttgc-tttctttagATGGTTGATTTGTCTGCTTCAGAAACAAGGACAGAATTTGAGCTGCAAAAGGGTGTTATAAGCGAATTACAAGATCGTTTGGCAGATGCAGAGCTTCGAA
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---------------------------------------gttgtatattcttgttagtagta-tttattgatttttgctagtatctag---tttgtccatattttgttaactacatccaaaactattattttcatcttgttagATGGCTGATTTATCTGCTTCAGAAACAAGAACAGTGTTTGAAGATCAGAAAAGAATTATATGTGAACTCCAGGAACGACTGGCAGAGAAAGAATTCCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggctttgtctttgtgatattgctgatccatgagcatgtgatttgctttctttagATGGTTGATTTGTCTGCTTCAGAAACAAGGACAGAATTTGAGCTGCAAAAGGGTGTTATAAGCGAATTACAAGATCGTTTGGCAGATGCAGAGCTTCGAA
                    tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                         tttgctttcttt  putative PPT
                                              tttcttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaatgctcttaaggtttttggaattgtttcaaatgtttgttgtgtttgtatatttgatgtagtccatcgcatgtagcatatactgatggctttgtctttgtgatattgctgatccatgagcatgtgatttgctttctttagATGGTTGATTTGTCTGCTTCAGAAACAAGGACAGAATTTGAGCTGCAAAAGGGTGTTATAAGCGAATTACAAGATCGTTTGGCAGATGCAGAGCTTCGAA

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