1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aaactacaatacccaagggaaaagatcaactttgactgccccttcgttgttgacatctttcaaggcagaatgacattgatgctcccctcctgttttacagCATACGGTATATCTTATCTCAAATCGACAACTGCATTCAGTTTGGGGAAGATGCAGATGTGAAGGTTAAGGATTTTGAGGAAGATGAGGATGACGACTAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0174g00200.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTATAGCATGGTGAGCTTCTTGCCTCTCGACTTGAGGAAAGAGAGCAG CATACGGTATATCTTATCTCAAATCGACAACTGCATTCAGTTTGGGGAAGA
genomic: GAGTATAGCATGGTGAGCTTCTTGCCTCTCGACTTGAGGAAAGAGAGCAGgtactctctt ... tgttttacagCATACGGTATATCTTATCTCAAATCGACAACTGCATTCAGTTTGGGGAAGA
gttgttgacatctttcaaggcagaatgacattgatgctcccctcctgttttacagCATACGGTATATCTTATCTCAAATCGACAACTGCATTCAGTTTGGGGAAGATGCAGATGTGAAGGTTAAGGATTTTGAGGAAGATGAGGATGACGACTAG
tgctcccctcctgttt CT-rich tract
tgtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaactacaatacccaagggaaaagatcaactttgactgccccttcgttgttgacatctttcaaggcagaatgacattgatgctcccctcctgttttacagCATACGGTATATCTTATCTCAAATCGACAACTGCATTCAGTTTGGGGAAGATGCAGATGTGAAGGTTAAGGATTTTGAGGAAGATGAGGATGACGACTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
aaactaca
- - - - -tacccaa
- - - - - - - - gggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccccttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagaatg