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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtaaaagataagtcttttttatcctatggtttaatggacacatggaatgctcttttcacagccttctattagtttccatcttgacctcggatatcctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGTTAGCTGGTCCAACA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00830.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0090g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: PP1S99_158V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gtgagtaaaagata-agtcttttttatcctatggtttaatggacacatggaatgctcttttcacagccttctattagtttccatcttgacctcggatatcctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGTTAGCTGGTCCAACA
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--gtctatgatgtagagtcgcatcgaacatctgacctgatcactaca---agtgcatagtccatagatctcatctgattaggagtt--atcttaaatctcttt--gcagGATTCTGTGCTGGAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCCGGAACTTCTCTGTTAGCTGGTCCTACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789999|gb|FQ479609.1|FQ479609
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349814602|gb|FQ399242.1|FQ399242
EST:     TTTGATCTGGGTGGTGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349811128|gb|FQ406140.1|FQ406140
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349818053|gb|FQ408828.1|FQ408828
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349817267|gb|FQ405271.1|FQ405271
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349811678|gb|FQ409675.1|FQ409675
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349811177|gb|FQ406165.1|FQ406165
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349807900|gb|FQ402291.1|FQ402291
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|352798701|gb|FQ480726.1|FQ480726
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349809773|gb|FQ398398.1|FQ398398
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|351036374|gb|FQ458749.1|FQ458749
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349818969|gb|FQ411664.1|FQ411664
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349816754|gb|FQ399622.1|FQ399622
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|351051626|gb|FQ450178.1|FQ450178
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349817835|gb|FQ407824.1|FQ407824
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349814554|gb|FQ399194.1|FQ399194
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349810986|gb|FQ405974.1|FQ405974
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|349820442|gb|FQ406998.1|FQ406998
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
EST: gi|351037515|gb|FQ460714.1|FQ460714
EST:     TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG                         GATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT
genomic: TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTGgtgagtaaaa ... cctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcttttcacagccttctattagtttccatcttgacctcggatatcctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGTTAGCTGGTCCAACA
                             tcttgac  putative branch site (score: 3)
                 tattagttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgagtaaaagataagtcttttttatcctatggtttaatggacacatggaatgctcttttcacagccttctattagtttccatcttgacctcggatatcctataacagGATTTTGCGCTAGTGGCTGTTCAGCAATTGCTGATTCTGGAACCTCTCTGTTAGCTGGTCCAACA

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