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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTG
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---------------gtatctttagttttgaatcttcactgtcctaaatttacccatt-ttcactttaagtgtttttaggag---------tcagggaataacaatcat-tttaagaattatttgttttctaatatatcagGTTGGTCCAGCCCTTGCATGTGGCTGTACAGTGGTCATAAAGCCCTCTGAACTTACACCTCTCACTGCTTTAGCTGCAGTGGAACTCTCCATTCAAGCTG

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA15G41690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTG
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---------------gtatctttagttttgaatcttcactgt--tctaaatttacccattt-----tcacttttttaagtgtttttaggagtcggggaataacaatcat-tttaggagttatttgttttctaatatatcagGTTGGTCCAGCCCTTGCATGTGGCTGTACAGTGGTCATAAAGCCCTCTGAACTTACGCCTCTCACCGCTTTAGCTGCAGCGGAACTCTCCATTCAAGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349827094|gb|FQ421367.1|FQ421367
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATATAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351031176|gb|FQ445003.1|FQ445003
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351022976|gb|FQ428885.1|FQ428885
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110720877|gb|EE097183.1|EE097183
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGC
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGC
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351026695|gb|FQ436348.1|FQ436348
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351012435|gb|FQ427036.1|FQ427036
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATGAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351023404|gb|FQ432787.1|FQ432787
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGTCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351012851|gb|FQ430414.1|FQ430414
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
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EST: gi|351024564|gb|FQ426373.1|FQ426373
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349823645|gb|FQ415055.1|FQ415055
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351014822|gb|FQ438022.1|FQ438022
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349829516|gb|FQ420048.1|FQ420048
EST:     TGGTGCAATTACTCCTTTGGA-CTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351019842|gb|FQ439659.1|FQ439659
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|30300500|gb|CB977294.1|CB977294
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351014217|gb|FQ434806.1|FQ434806
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|33405914|gb|CF211541.1|CF211541
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|33407740|gb|CF213367.1|CF213367
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110711777|gb|EE088642.1|EE088642
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACCGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110711744|gb|EE088569.1|EE088569
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110717484|gb|EE093391.1|EE093391
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTC-ATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTT
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EST: gi|351033615|gb|FQ447774.1|FQ447774
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|71856998|gb|DT006053.1|DT006053
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110685428|gb|EE062138.1|EE062138
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351027861|gb|FQ448431.1|FQ448431
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTGTGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351014497|gb|FQ437499.1|FQ437499
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTAGCTGCACAGTGGGTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349824141|gb|FQ417528.1|FQ417528
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110703160|gb|EE079765.1|EE079765
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110711357|gb|EE087747.1|EE087747
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACCCGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCCCCGTGGGTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110711773|gb|EE088638.1|EE088638
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351015664|gb|FQ427149.1|FQ427149
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349827446|gb|FQ422314.1|FQ422314
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST:     GTTCCAATACACTCCTTGAGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: GTGC-AATT-ACTCCTTG-GAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCCCAGTGGTTTTAAAACCT-CTGGA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349828464|gb|FQ417206.1|FQ417206
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110719472|gb|EE094631.1|EE094631
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351024107|gb|FQ423530.1|FQ423530
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCCTGCTTGTGGCTGCCCAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351016508|gb|FQ423935.1|FQ423935
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110712898|gb|EE088347.1|EE088347
EST:     GGTGNCA-TTACTCCTTGGGACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAANG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAA-CCTTCTGA
genomic: GGTG-CAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAA-Ggtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGA
EST: gi|349832403|gb|FQ420964.1|FQ420964
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349831123|gb|FQ420793.1|FQ420793
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|161712950|gb|FC062076.1|FC062076
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTG
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTG
EST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|352763959|gb|FQ465409.1|FQ465409
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTG
          ggttgat  putative branch site (score: 5)
                                  atctttttacattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG