Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatttttgcagagagtttcatttcatccagcatggacataagagttttctacctttatgtattggtgtttcatcttcacattgtctttgtttagCTATTTGGTTATCCGACAGGACTTGGCGCCCTCATTGTTCGAAGTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0027g01090.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29785459|gb|CB342456.2|CB342456
EST:     CTGATTTGTCAAAGTATCCTGCAGATTTTGTTGTCATCTCATTCTATAAG                         CTATTTGGTTATCCGACAGGACTTGGCGCCCTCATTGTTCGAAGTG
genomic: CTGATTTGTCAAAGTATCCTGCAGATTTTGTTGTCATCTCATTCTATAAGgtagattttt ... ctttgtttagCTATTTGGTTATCCGACAGGACTTGGCGCCCTCATTGTTCGAAGTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagagttttctacctttatgtattggtgtttcatcttcacattgtctttgtttagCTATTTGGTTATCCGACAGGACTTGGCGCCCTCATTGTTCGAAGTG
                                            tctttgttt  CT-rich tract
              tttatgtatt  TA-rich tract