Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggaaccaaacatgcctttaattttcctgaattgatttgcttgttcagttactgaaattctgacatgagatttctaatgaccatgattactgttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGGTTTTTTCTATTCAAAATCAGTGCATTCTAGCAAATTACATCATTTCTGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g02480.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32270844|gb|CD720003.1|CD720003
EST:     GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|294964669|gb|GW838472.1|GW838472
EST:     CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|10283302|gb|BE846425.1|BE846425
EST:     CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|110726701|gb|EE102715.1|EE102715
EST:     CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|32268391|gb|CD717550.1|CD717550
EST:     GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|30323099|gb|CD006361.1|CD006361
EST:     GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|37184105|gb|CF603459.1|CF603459
EST:     CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|32249769|gb|CD715588.1|CD715588
EST:     GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|161706059|gb|FC057138.1|FC057138
EST:     CTCGTCAGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: gi|30300354|gb|CB977148.1|CB977148
EST:     CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG                         GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttactgaaattctgacatgagatttctaatgaccatgattactgttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGGTTTTTTCTATTCAAAATCAGTGCATTCTAGCAAATTACATCATTTCTGT
                         ttctaat  putative branch site (score: 2)
                       atttctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggaaccaaacatgcctttaattttcctgaattgatttgcttgttcagttactgaaattctgacatgagatttctaatgaccatgattactgttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGGTTTTTTCTATTCAAAATCAGTGCATTCTAGCAAATTACATCATTTCTGT

- - ccaaaca
- - - - - -tgccttt
- - - - - - - - - - - ttcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgat