Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatattcttagtaatgctggcttgaggagtaaattatgccttgctaactttctcttctttatctttcagatagaaatgaatgttatatttcttggtctatcattggatgttagcttccttcttttcttatgctcttttccttgcatgtcagGCATATGAGAAGGGGTTGATGATTGCTGTAATTCCATTTACCTCCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g02580.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g02580.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: EFJ31209 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 18
gtaatattcttagtaatgctggcttgaggagtaaattatgccttgctaactttctcttctttatctttcagatagaaatgaatgttatatttcttggtctatcattggatgttagcttccttcttttcttatgctcttt--tccttgcatgtcagGCATATGAGAAGGGGTTGATGATTGCTGTAATTCCATTTACCTCCAAG
                                                                                                             ||  |   |  || |||||||   |||||   |  ||  |   ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||
------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtgaaaatatt-ttgttttcttgctctcttacatttttataaaacagGCATATGAGAGGGGGCTGATGATTGCTGTTATACCATTTACTTCCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatcattggatgttagcttccttcttttcttatgctcttttccttgcatgtcagGCATATGAGAAGGGGTTGATGATTGCTGTAATTCCATTTACCTCCAAG
                 cttccttcttttctta  CT-rich tract
                         ttttcttat  TA-rich tract